Consegui mudar o user-agent apenas para o Youtube, assim os outros sites não são afetados.
squid.conf
#========================== Squid 3.x Conf ===========================#
#
# Opciones de SQUID 3.x
#----------------------------------------------------------------------
http_port 3128 intercept
visible_hostname proxy.os.com
icp_port 0
#----------------------------------------------------------------------
acl youtube url_regex -i "/etc/squid3/youtube.lst"
request_header_access User-Agent deny youtube
request_header_replace User-Agent Mozilla/5.0 (compatible; Googlebot/2.1; +http://www.google.com/bot.html)
===============
/etc/squid3/youtube.lst
youtube.com
squid.conf
#========================== Squid 3.x Conf ===========================#
#
# Opciones de SQUID 3.x
#----------------------------------------------------------------------
http_port 3128 intercept
visible_hostname proxy.os.com
icp_port 0
#----------------------------------------------------------------------
acl youtube url_regex -i "/etc/squid3/youtube.lst"
request_header_access User-Agent deny youtube
request_header_replace User-Agent Mozilla/5.0 (compatible; Googlebot/2.1; +http://www.google.com/bot.html)
===============
/etc/squid3/youtube.lst
youtube.com