Para trabajar en el modo que quieres Gateway o Bridge

1.- debes compilar el squid con soporte TProxy
2.- Usar IPTABLES para redireccionar al 80
3.- El thundercache 3.1.2 No se si tiene soporte TPROXY que si no tiene soporte saldra la peticion con el IP del thunder, lo mismo que nada. a menos que uses supercache :D
4.- este es el mejor modo de trabajo ya que el NAT directamente recae en el LINUX ya no lo hace el MIKROTIK.

Recien me di cuenta que joem habrio su foro felicitaciones por seguir en este proyecto tan bueno

Saludos,

Bernardo Pillaca Guevara
Thundercacheperu